Als zweite zentrale Komponente eines Controlling-Informationssystems wird neben dem Datenquellen das Methodenbanksystem angesehen. Es enthält die Applikationsbibliothek, eventuell vorhandene wissensbasierte Systeme sowie die Sammlung der Endbenutzerwerkzeuge. In der Applikationsbibliothek sind sämtliche in Algorithmen umgesetzte Methoden und Instrumente enthalten, die für ein zielgerichtetes Verarbeiten und Auswerten der in den Datenquellen vorhandenen Daten benötigt werden. Die enthaltenen Applikationen bilden zusammen mit den vorhandenen Daten somit die Basis für die von Controlling-Informationssystem verfolgte Unterstützung des Controllings.
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